מס רכישה מופחת לנכה צה"ל

שלום, הנני נכה צה"ל בשיעור 20%. ברצוני לדעת האם מס רכישה מופחת של 0.5% הינו מסך כלל העסקה, או מהחלק היחסי המחוייב במס רכישה. לדוגמא: במידה וקניתי דירה למגורים בעלות של מיליון שקל, הפטורה ממס רכישה לכלל , האם יהיה עלי לשלם 0.5%? לחלופין, במידה וןקניתי דירה בסך 2 מש"ח, האם יהיה עליי לשלם 0.5 % מסך העסקה או רק על החלק היחסי שמעל 1.5 מש"ח? תודה מראש משה